На 15 август 1963 г. става тежка катастрофа между Велико Търново и Горна Оряховица. Автобус пълен с хора се удря в камион и избухва пожар. Д-р Стефан Черкезов спасява 47 души от горящия автобус. На следващия ден почива поради тежките изгаряния, които е получил. По негови думи, цитирани от съпругата му „Средствата, които баща му е вложил да стане лекар, не са били напразно“.

От 2005 г. в негова чест 15 август е обявен за Ден на спасението в България. Отдава се почит на всички лекари, починали при изпълнение на своя дълг и на пострадалите при всички професии.

Неговото име носят Многопрофилната болница за активно лечение във Велико Търново, улицата във Виноград, на която се намира родната му къща, здравната служба в селото, а на лицевата ѝ страна е поставена паметна плоча.