Намирането на историята за произхода на SARS-CoV-2 - коронавирусът, отговорен за близо 3,9 милиона смъртни случая в световен мащаб, беше до голяма степен затруднено от липсата на достъп до информация от Китай, където се появиха първите случаи.
Сега изследовател в Сиатъл е изровил изтрити файлове от Google Cloud, които разкриват 13 частични генетични последователности на някои от най-ранните случаи на COVID-19 в Ухан, съобщи Карл Цимер за The New York Times.
Последователностите не наклоняват везните към някоя от многото теории за това как е възникнал SARS-CoV-2. Те не предполагат, че вирусът е изтекъл от лаборатория с висока степен на сигурност в Ухан, нито предполагат естествен произход. Но те затвърждават идеята, че новият коронавирус е циркулирал по-рано от първото голямо огнище на пазара на морски дарове.
За да се определи точно как и къде е възникнал вирусът, учените трябва да намерят така наречения предшественик на вируса, от който са произлезли всички останали щамове. Досега най-ранните последователности са взетите от случаите на пазара на морски дарове Хуанан в Ухан, където първоначално се смяташе, че новият коронавирус се появил за първи път в края на декември 2019 г. Но случаите от началото на декември и още от ноември 2019 г. нямат никакви връзки с пазара, което показва доста по-ранно начало на пандемията и че вирусът е възникнал от друго място.
Има един мъчителен проблем с тези първи генетични секвенирания. При случаите, открити на пазара, има три мутации, които липсват във вирусни проби от случаи, появили се седмици по-късно извън пазара. Вирусите с тези липсващи три мутации, съвпадат по-тясно с коронавирусите, открити при прилепи. Учените са относително сигурни, че новият коронавирус по някакъв начин се е появил от прилепите, така че е логично да се предположи, че при предшественика му също ще липсват на тези три мутации.
И сега, Джеси Блум от Медицинския институт Хауърд Хюз в Сиатъл открива, че изтритите последователности - вероятно някои от най-ранните проби, също са нямат тези мутации. Блум е водещият автор в писмо, публикувано през май в списание Science, призоваващо към безпристрастно разследване на произхода на коронавируса, уточнява Live Science.
"Те са с три стъпки по-сходни с коронавирусите на прилепите, отколкото вирусите от рибния пазар Хуанан", каза Блум пред The New York Times. Тези нови данни подсказват, че вирусът е циркулирал в Ухан много преди да се появи на пазара на морски дарове, каза Блум.
"Този факт подсказва, че последователностите от пазара, които са основният фокус на геномната епидемиология в съвместния доклад на СЗО и Китай ... не са представителни за вирусите, циркулиращи в Ухан в края на декември 2019 г. и началото на януари 2020 г.", пише Блум в статията си, качена на 22 юни в базата данни за препринти bioRxiv.
Според Цимер преди около година 241 генетични последователности от пациенти с коронавирус са изчезнали от онлайн база данни, наречена Sequence Read Archive, поддържана от Националния здравен институт (NIH).
Блум забелязва липсващите секвенции, когато попада на електронна таблица в проучване, публикувано през май 2020 г. в списание PeerJ, в което авторите изброяват 241 генетични последователности на SARS-CoV-2 до края на март 2020 г .. Секвенциите са били част от проект на университета в Ухан, наречен PRJNA612766, и се предполага, че са качени в архива за секвенции. Той потърсил в архивната база данни последователностите и получил съобщението "Няма намерени елементи", пише Блум в статия в bioRxiv, която не е рецензирана.
Неговото търсене разкрило, че изтритите секвенции са събрани от болница Aisu Fu и Renmin от Университета в Ухан, а препринт на изследването, публикувано с тези последователности (Wang et al. 2020), смята, че те идват от проби от носови тампони от предполагаемо заболял от COVID-19 в началото на епидемията.
Блум не можал да намери обяснение защо последователностите са били изтрити, а имейлите му със запитване до двамата съответни автори не получили отговор.
"Няма правдоподобна научна причина за изтриването - последователностите са напълно съобразени с пробите, описани от Wang et al. (2020a, b)", пише Блум в bioRxiv. "Няма корекции на публикацията, в статията се посочва, че е получено одобрение от субектите и секвенирането не показва доказателства за замърсяване с плазмид или от проба на проба. Следователно изглежда вероятно последователностите да бъдат изтрити, за да скрият съществуването им."
Блум отбелязва няколко ограничения на своето проучване, главно, че последователностите са само частични и не включват информация, която да дава ясна дата или място на събиране - информация от решаващо значение за проследяването на вируса до неговия произход, пише Live Science.
Независимо от това, Блум смята, че разглеждането на по-задълбочени архивирани данни от NIH и други организации и обединяването на последователностите може да помогне да се изготви по-ясна картина както на произхода, така и на ранното разпространение на SARS-CoV-2, без да е необходимо проучване на място в Китай.
